Tomates

Général

La tomate est une espèce de plante herbacée originaire du nord-ouest de l’Amérique du Sud. Elle est cultivée pour son fruit charnu, l’un des fruits les plus consommés dans l’alimentation humaine. Elle appartient à la famille des solanacées, dont les membres les plus utilisés par l’homme sont par exemple la pomme de terre, le poivre, l’aubergine, ou encore le tabac. Son cycle de vie court, la possibilité de diriger les croisements, sa robustesse face à différentes conditions climatiques, et la facilité avec laquelle il est possible de la transformer génétiquement, font de la tomate un modèle d’excellence pour les recherches sur les fruits charnus, tels que le raisin, la pomme, la pêche, la fraise ou encore le melon.

Nom : Solanum lycopersicum
Classification phylogénétique : plante herbacée de la famille des solanaceae
Génome séquencé (2012, The Tomato Genome Consortium)
Taille du génome : 950 millions de paires de bases sur 12 paires de chromosomes.
Nombre de gènes : environ 35 000.

Reproduction

Période de reproduction : toute l’année.

Cycle de développement : 100-120 jours.

La fleur de tomate est hermaphrodite, le tube staminique qui renferme et protège les organes sexuels mâle et femelle, offre une pollinisation autogame dominante et allogame à pourcentage variable.

Outils

Collections importantes de Ressources Génétiques
Collections importantes de variants naturels et de mutants (mutagenèses par EMS révélés par méthode de TILLING notamment)
Nombreux marqueurs génétiques : RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism), AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphism), SSRs (simple sequence repeat), SNPs
Banques de BACs et YACs
Grande collection d’ESTs (>250 000 environ)
Analyses QTLs, protéomes et transcriptomiques possibles
Marqueurs COS (Conserved Ortholog Set) permettant des études de synténie avec le génome d’Arabidopsis thaliana
Production de mutations gain de fonction grâce à des transformations (par insertions de T-DNA ou des transposons provenant d’autres espèces) et extinction de gènes par RNAi ou par VIGS (Virus Induced Gene Silencing)

Bases de données

Bases de données génomiques :

http://sgn.cornell.edu/

http://ted.bti.cornell.edu/cgi-bin/TFGD/order/home.cgi

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/tomato/index.jsp

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/?org=solanum-lycopersicum&group=solanales

Banque de variants naturels et de mutants :

http://tgrc.ucdavis.edu/

Base de données de microarrays :

https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

http://www.jcvi.org/

Base de données sur le métabolisme :

http://solcyc.solgenomics.net/

Infrastructures

Experts

Bibliographie

Tomato. In “Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants”, Volume 5, Vegetables, Labate JA, S Grandillo, T Fulton, S Muños, AL Caicedo, I Peralta, Y Ji, RT Chetelat, JW Scott, MJ Gonzalo, D Francis, W Yang, E van der Knaap, AM Baldo, B Smith-White, LA Mueller, JP Prince, NE Blanchard, DB Storey, MR Stevens, MD Robbins, J Fen Wang, BE Liedl, MA O’Connell, JR Stommel, K Aoki, Y Iijima, AJ Slade, SR Hurst, D Loeffler, MN Steine, D Vafeados, C McGuire, C Freeman, A Amen, J Goodstal, D Facciotti, J Van Eck, M Causse, Editeur : C. Kole, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 11-135, 2007.

“Tomato : a model plant for Solanaceae genomics. ”, Stevens R, M. Bouzayen, M. Causse, C. Etienne, C. Rothan, Functional Plant Genomics, éditeurs : J.F. Morot-Gaudry, P Lea, J.F. Briat, Science Publishers (USA), 708 p, 2007

“ Traditional and enhanced breeding for fruit quality traits in tomato. ”, Causse M, R Damidaux, P Rousselle, Genetic Improvement of Solanaceous Crops, Vol.2: Tomato. Editeurs : M.K.Razdan and A. K. Mattoo, Science Publishers, Enfield, USA, 637 pp, 2007.

“Genomic databases for tomato”, K. Yano, K. Aoki, D. Shibata, Plant Biotechnology, 24, 17-25, 2007.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Solanum_lycopersicum

“The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution“. The Tomato Genome Consortium. Nature. 2012 May 30; 485, 635–641(2012)