Général
Le médaka, Oryzias latipes, est un poisson téléostéen d’eau douce originaire d’Asie du Sud-Est (Japon, Chine, Corée, Vietnam). Sa capacité à survivre dans des conditions environnementales diverses et la rapidité de ses réponses à différentes drogues, tant aux niveaux des organes qu’aux niveaux cellulaires et moléculaires, justifient sa large utilisation en toxicologie et éco-toxicologie. Les facilités d’obtention et de manipulation de ces poissons (adultes et embryons de tous stades), la possibilité de diriger les croisements, et le cycle de vie court du médaka, en font un modèle extrêmement apprécié par les généticiens et les embryologistes, en particulier ceux qui s’intéressent au développement des vertébrés.
Reproduction
Outils
- Lignées stables issues de populations différentes (appelées Northern et Southern) caractérisées par un haut degré de polymorphisme
- Des lignées de mutants, spontanés ou induits (par mutagenèse chimique, irradiation, etc…) ont été produites par plusieurs laboratoires
- Une lignée de poissons complètement transparents, dont la plupart des organes sont visibles à l’œil nu, a été produite par un laboratoire japonais, ce qui permet d’étudier l’organogenèse depuis l’éclosion à l’âge adulte, et pourrait permettre la détection d’anomalies internes sans sacrifice de l’animal (particulièrement intéressant en cancérologie)
- Les techniques de transgenèse par micro-injection dans l’œuf de constructions d’ADN ou de transposons sont bien établies chez le médaka
- Les fragments d’ADN étrangers sont injectés dans le cytoplasme de l’œuf au stade une cellule
- Les méthodes de « knock-down » par utilisation d’antisens de type morpholinos sont utilisées en routine chez le medaka
Bases de données
Bases de données génomiques :
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=oryLat2
http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/genome/top.jsp
http://www.ensembl.org/Oryzias_latipes/Info/Index
http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/K-medaka/MGI2/MGI.html
Bases de données d’hybridation in situ :
http://ani.embl.de:8080/mepd/
Banque de bio-ressources de Tokyo (notamment banque de lignées de medakas transgéniques) :
http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/K-medaka/Kashiwa-TGM.html
Infrastructures
- VIM Infectiologie
- https://www6.jouy.inrae.fr/vim
- Jouy-en-Josas
- INRAE - Laboratoire de Physiologie et Génomique des poissons
- https://www6.rennes.inrae.fr/lpgp
- Rennes
- BioEmergence CNRS - USM 505 « Ecosystèmes et interactions toxiques » du MNHN
- http://bioemergences.iscpif.fr/bioemergences/index.php
- Gif-sur-Yvette
Experts
- Franck BOURRAT
- bourrat@inaf.cnrs-gif.fr
- UPR 3294 NED Neurobiologie Et Développement, CNRS, Gif-sur-Yvette
Bibliographie
- Articles
Thèse d’Anne-Laure Bauchet (disponible à l’adresse suivante : http://theses.vet-alfort.fr/telecharger.php?id=1010)
« The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution », Kasahara et al., Nature, 2007
« Medaka – a model organism from the far East », Wittbrodt, Shima et Schartl, Nature Rev. Genet., 2002
- Ressources web