Ascidie

Les urochordés (ou tuniciers) constituent un modèle extrêmement intéressant pour décrypter les réseaux génétiques de développement précoce. De plus, ils sont très proches des vertébrés ce qui permet de documenter quels étaient les caractères (types cellulaires par exemple) déjà présents il y a plus de 500 millions d’années chez les chordés et à partir desquels les innovations de vertébrés ont eu lieu. La cione Ciona intestinalis (C. intestinalis), dont l’élevage et la manipulation en laboratoire sont réalisés dans quelques laboratoires, est l’une des espèces d’urochordés les plus étudiées. Elle représente un modèle d’étude traditionnel en biologie du développement depuis de nombreuses années. Aujourd’hui le séquençage de son génome constitue une formidable avancée pour la connaissance de l’origine du génome des vertébrés.

Les ascidies sont hermaphrodites. La fécondation a lieu dans l’eau et donne naissance à une larve de 2 à 3 mm de long en forme de tétard : elle présente une tête et une grande queue effilée qui lui permet de se déplacer dans l’eau. Cette queue constitue la caractéristique principale de la larve puisqu’elle contient une corde dorsale appelée notocorde (élément qui permet de classer les ascidies dans le phylum des chordés). A l’avant de la larve, se trouvent trois papilles adhésives qui vont lui permettre de se fixer dans les 12 à 24 heures qui suivent sa formation soit au sol, soit sur tout substrat dur où elle pourra entamer sa métamorphose. Dès les premières heures, la queue, avec sa notocorde et son axe nerveux, se résorbe jusqu’à disparaître complètement chez l’individu adulte. Les papilles adhésives croissent pour former un pédoncule qui surélève le corps de l’animal. Les différents organes vont alors se développer. Le passage de la larve à l’ascidie adulte s’effectue en une vingtaine de jours.

Concernant Ciona intestinalis :

Classification phylogénétique : chordé du genre cionidae

Genome séquencé

Environ 160 millions de paires de bases sur 14 chromosomes

Nombre de gènes : environ 16 000

Anatomie de l’embryon facile à décrire (lignage fixe, peu de cellules)

Plus d’un million d’ESTs

40 000 profils d’expressions



Ciona savignyi :

Genome sequencé

ESTs

Modèle de genes (ENSEMBL)



Phallusia mamillata

Genome probablement séquencé en 2009 – 2010

Embryon transparent et en quantité énorme



Halocynthia roretzi :

80000 ESTs environ

Modèle japonais

Possibilité d’obtention d’un grand nombre d’embryons par fécondation in vitro à partir d’adultes sauvages récoltés à la station biologique de Roscoff ou à celle de Sête (Montpellier). Possibilité d’obtention d’animaux transgéniques par électroporation d’œufs déchorionés ou de façon stable par des techniques d’injection de transposase (minos).

Analyses fonctionnelles par invalidation de gènes via injection de morpholinos (oligonucléotides antisens) ou par mutagenèse.

Banques d’ESTs, de cDNA, de BAC et de cosmides.

Elevage par la plateforme AMAGEN.

Un grand nombre de base de données et de sites web relatifs à l’ascidie sont répertoriés sur ce portail :http://www.tunicate-portal.org/

Bases de données générales :

ANISEED (génomique, littérature, données d’expression et anatomie) http://www.aniseed.cnrs.fr/

Ghost (génomique, expression) :

http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/indexr1.html

Bases de données spécialisées :

Expression :

CiAID :

http://bioinfo.s.chiba-u.jp/ciaid/

CINOBI :

http://hottapc.lab.nig.ac.jp/notochord/cibra/

MAGEST http://magest.hgc.jp

Anatomie :

FABA/FABA2 :

http://chordate.bpni.bio.keio.ac.jp/faba/top.html

ESTs :

http://informatics.gurdon.cam.ac.uk/online/ciona-fl-db.html

Protéomique :

CIPRO http://cipro.ibio.jp

Regions régulatrices :

DBTGR :

http://dbtgr.hgc.jp

Puces à ADN

http://goblet.molgen.mpg.de/cgi-bin/webapps/ciona.cgi

Biologie du développement : Ascidian film archive de l’UMR7009 de l’Observatoire océanologique de Villefranche-sur-Mer http://biodev.obs-vlfr.fr/recherche/biomarcell/films… Liens supplémentaires

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?…

http://www.ensembl.org/Ciona_intestinalis/Info/Index/

http://www.ciona.cnrs-gif.fr

Sites web : http://crfb.univ-mrs.fr/ciona/lemaire/whyStudyAscidians.php

http://genome.jgi-psf.org/Cioin2/Cioin2.info.html

http://fr.wikipedia.org/wiki/Cione

http://fr.wikipedia.org/wiki/Ascidie

http://www.tunicate-portal.org/

Articles :

″Ascidian embryos: from the birth of experimental embryology to the analysis of gene regulatory networks″, Lamy C, Lemaire P., M/S : médecine sciences, vol. 24, n°3, Mars 2008 (disponible 404

″Le génome de la cione: une plongée aux origines des vertébrés / The genome of ciona: insights into the origin of vertebrates″, Hervé Tostivint et Hubert Vaudry, M/S : médecine sciences, vol. 19, n° 6-7, 2003, p. 660-662 (disponible http://www.erudit.org/revue/ms/2003/v19/n6-7/006822ar.html?vue=resume)