Porcs et mini-porcs

Claire ROGEL-GAILLARD
claire.rogel-gaillard@jouy.inra.fr
INRA/AgroParisTech, UMR1313, Laboratoire de Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe INRA-CEA Génétique Immunité Santé, Jouy-en-Josas

Modèles de maladies humaines
Human disease models

Immunologie
Immunology

Génomique
Genomics

Génétique
Genetics

Clonage
Cloning

Biologie du développement
Developmental Biology

Biologie cellulaire et moléculaire
Cell & molecular biology

Virologie et immunologie porcines
Unité AFSSA
Porc
http://www.ploufragan.afssa.fr/organisation/uvip.htm
loufragan/Plouzané
Marie-Frédérique Le Potier

 

Unité de Recherche Pharmacologie-Toxicologie, immunité et toxicologie
INRA 31931
porc
http://www.toulouse.inra.fr/pharmacologie_toxicologie
Saint martin du Touch

 

Plateforme d’Expérimentations Pré-Cliniques
porc
http://www.poitou-charentes.inra.fr/ses_ressources/plateforme_ibisa_d_experimentations_pre_cliniques
Poitou-Charentes
Séverine Deretz

 

Physiologie de la Reproduction et des Comportements
UMR-INRA, CNRS, Univ. F. Rabelais
Porc
http://www.tours.inra.fr/physiologie_…
Tours Nouzilly
Florian Guillou et Thierry Magallon

 

Pharmacologie-Toxicologie
Unité INRA UPR66
Porc
Toulouse
Bernard Salles et Isabelle Oswald

 

Maladies infectieuses, interactions hôte pathogènes, vaccins, unité de Virologie et Immunologie Moléculaires
INRA
porc
http://www.jouy.inra.fr/vim
jouy-en-josas

 

Laboratoire INRA de Génétique Cellulaire
Porc
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/internet/
Toulouse
Annie Robic et Denis Milan

 

Laboratoire de génétique cellulaire, cytogénétique, épigénétique, topologie nucléaire
INRA
porc
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/internet/
toulouse

 

Laboratoire de génétique cellulaire, biodiveristé
INRA
porc
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/internet/
Toulouse

 

Infectiologie Animale et Santé Publique
Unité INRA
Porc
http://www.val-de-loire.inra.fr/
Tours
Dominique Buzoni-Gatel

 

Immunologie des muqueuses, Infectiologie Animale et Santé Publique
INRA
porc
http://www.tours.inra.fr/Pole_Sante_Animale/…
http://www.tours.inra.fr/les_recherches/…
Nouzilly

 

cartographie et cytogénétique, génétique animale et biologie intégrative
INRA/AgroParisTech UMR 1313
lapin
http://www.inra.fr/genetique_animale/les_unites/…
Jouy-en-josas

 

AgroParisTech de Génétique Animale et Biologie Intégrative
UMR1313-INRA,
Porc, Lapin
http://www.ga.inra.fr/
Jouy-en-Josas
Jean-Pierre Bidanel, Claire Rogel-Gaillard et Etienne Verrier

 

AFSSA unite virologie et immunologie porcines
porc
http://www.ploufragan.afssa.fr/organisation/uvip.htm

Le porc domestique et le porc sauvage ou sanglier appartiennent tous deux à l’espèce Sus Scrofa. Le porc domestique est classé en Sus scrofa domestica et le sanglier le plus commun en Sus scrofa scrofa. Le porc domestique et le sanglier sont interféconds. Ils diffèrent par leur nombre de chromosomes : 36 pour le sanglier et 38 pour le porc domestique.

L’espèce porc a été domestiquée suite à la sédentarisation des hommes et à l’apparition de l’agriculture il y a environ 10000 ans. Le porc domestique est une espèce d’intérêt économique et biomédical. Il constitue un modèle en santé humaine de par l’existence de caractéristiques anatomiques et physiologiques comparables à celles de l’homme: structure de la peau, réponse à des régimes athérogènes, anatomie cardio-vasculaire, système urinaire, anatomie et fonctionnement du rein. Les propriétés anatomiques et physiologiques d’organes tels le foie, le pancréas, le rein et le cœur font du porc un animal reconnu d’intérêt pour la xénogreffe. L’anatomie gastro-intestinale du porc diffère de celle de l’homme mais les processus digestifs étant similaires, le porc est intéressant pour l’étude de pathologies digestives. Il existe des races de porcs miniatures (Yucatan, Hanford, Gottingen) précieuses dans des protocoles expérimentaux pour lesquels la taille des animaux de ferme serait un obstacle.

Les porcs atteignent la maturité sexuelle très tôt vers l’âge de 6 mois et peuvent se reproduire tout au long de l’année. Le temps de gestation est de 115 jours en moyenne. Une truie peut avoir deux portées par an et met bas jusqu’à une douzaine de porcelets par portée. Certaines lignées qualifiées de très prolifiques peuvent donner naissance à 18 porcelets par portée. La truie gestante a une placentation épithélio-choriale qui limite les échanges entre le sang maternel et fœtal. Un porc a une espérance de vie de 25 ans.

Sus scrofa domestica pour le porc domestique et Sus scrofa scrofa pour le sanglier.

Classification phylogénétique : mammifères de la famille des Suidae

Génome Sus scrofa scrofa

Taille attendue du génome: 2,7 Gb2n = 38 chromosomes Premier assemblage de la séquence du génome disponible

Capacité d’élevage dans des conditions contrôlées Installations SPF (Specific Pathogen Free) Banques de grands fragments d’ADN (BACs) Transfections cellulaires Transgenèse

Cartes physiques, génétiques, cytogénétiques, d’hybrides d’irradiation

Séquence génomique partielle

Puces d’expression pour des analyses transcriptomiques

Génotypage : microsatellites, SNPs

Puces 60K SNP disponibles

Anticorps

Races de porc domestique : http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_domestic_pig_breeds

Animal genome database : http://www.animalgenome.org/QTLdb/pig.html
 
Carte cytogénétique :https://www-lgc.toulouse.inra.fr/pig/cyto/cyto.htm
 
Cartes homme-porc : https://www-lgc.toulouse.inra.fr/pig/compare/compare.htm
 
Carte physique: http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa/mapping.shtml
 
Cartographie comparée de séquences EST : http://bioinfo.genotoul.fr/Iccare/index.php
 

Génomes : http://narcisse.toulouse.inra.fr/multi/cgi-bin/narcisse17.cgi

Annotation EST et ADNc : Pig expression data explorer : http://pede.dna.affrc.go.jp/

SIGENAE : http://www.sigenae.org/

Pig gene Index : http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/cgi-bin/tgi/gimain.pl?gudb=pig

Séquence du génome : premier assemblage disponible (octobre 2009) : http://www.ensembl.org/Sus_scrofa/Info/Index http://vega.sanger.ac.uk/Sus_scrofa/index.html

Projet de séquençage du génome : http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa/

Swine Genome Sequencing Consortium (SGSC) : http://www.piggenome.org/

The Immuno Polymorphism Database MHC database : http://www.ebi.ac.uk/ipd/mhc/sla/

Porcine Immunology and Nutrition database : http://ars.usda.gov/Services/docs.htm?docid=6065

Recherches biomédicales chez le porc : http://www.nal.usda.gov/awic/pubs/swine/swine.htm#art

Articles :

″Application of genetically modified and cloned pigs in translational research″, Matsunari H, Nagashima H. 2009. J Reprod Dev. 2009 55(3):225-30

″Design of a High Density SNP Genotyping Assay in the Pig Using SNPs Identified and Characterized by Next Generation Sequencing Technology.″, Ramos et al. 2009. PLoS ONE 4(8): e6524. (disponible http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2716536/pdf/pone.0006524.pdf)

″Nomenclature for factors of the SLA system, update 2008.″, Ho CS, Lunney JK, Ando A, Rogel-Gaillard C, Lee JH, Schook LB, Smith DM. 2009,. Tissue Antigens 73(4):307-15. (disponible http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1399-0039.2009.01213.x/abstract)

″Advances in swine biomedical model genomics.″, Lunney JK. 2007. Int J Biol Sci 3: 179-184. (disponible http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1802015/pdf/ijbsv03p0179.pdf)

″Creating porcine biomedical models through recombineering.″, Rogatcheva MM, Rund LA, Swanson KS, Marron BM, Beever JE, Counter CM, Schook LB. 2004. Comp Funct Genomics 5(3):262-7 (disponible http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2447442/pdf/CFG-05-262.pdf)

″Swine Genome Sequencing Consortium (SGSC): A strategic roadmap for sequencing the pig genome.″, Schook LB, Beever JE, Rogers J, Humphray S, Archibald A, Chardon P, Milan D, Rohrer G, Eversole K. 2005. Comp Funct Genomics 6(4):251-5 (disponible http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2447480/pdf/CFG-06-251.pdf)

″Clinical and histopathological characterization of cutaneous melanomas in the melanoblastoma-bearing Libechov minipig model.″, Vincent-Naulleau S, Le Chalony C, Leplat JJ, Bouet S, Bailly C, Spatz A, Vielh P, Avril MF, Tricaud Y, Gruand J, Horak V, Frelat G, Geffrotin C. 2004. Pigment Cell Res 17(1): 24-35. (disponible http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1600-0749.2003.00101.x/abstract)

ANIMAUX :

– Races de porcs domestiques : Génétique et Expérimentation en Productions Animales, INRA

– Lignée athérosclérose : Animaux présentant une athérosclérose spontanée, Génétique et Expérimentation en Productions Animales, INRA

– Lignée MeLiM : Animaux ayant une susceptibilité génétique au mélanome cutané, UMR1313 de Génétique Animale et Biologie Intégrative, INRA

– Miniporcs homozygotes pour l’haplotype dd du CMH : UR Infectiologie Animale et Santé Publique, INRA

 

CHIRURGIE EXPERIMENTALE :

Unité de Physiologie, reproduction et comportement, INRA, Tours

 

TRANSPLANTATIONS :

Plateforme de chirurgie du Magneraud

 

BANQUES DE BACs :

CRB GADIE, Jouy-en-Josas, France :

Distribution de clones, criblage par PCR

BACPAC resources center,

 

USA BANQUES DE BACs :

CRB GADIE, Jouy-en-Josas, France :

Distribution de clones, criblage par PCR

BACPAC resources center,

 

USA PUCES SNPs :

PorcineSNP60 Genotyping BeadChip



TYPAGE DU CMH :

UMR1313, Laboratoire de Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe INRA-CEA Génétique Immunité Santé, INRA/AgroParisTech, Jouy-en-Josas

PANEL D’HYBRIDES D’IRRADIATION (RH) :

IMPRH, INRA : Distribution du panel et outil de cartographie RH

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