Riz

Emmanuel GUIDERDONI
emmanuel.guiderdoni@cirad.fr
Unité mixte DAP (Développement et Amélioration des Plantes), Montpellier

Réponses aux stress abiotiques
Abiotic stress responses

Physiologie végétale
Vegetal Physiology

Génomique
Genomics

Etudes sur les histones et la conformation de la chromatine
Histones & chromatin conformation

Dynamique des éléments transposables
Transposable elements Dynamics

Biologie du développement
Developmental Biology

Adaptation du végétal à l’environnement
Plant adaptation to environment

Laboratoire Génome et Développement des Plantes
UMR5096 – CNRS – IRD – UPVD
Riz
http://lgdp.univ-perp.fr/index.php?page=laboratoire_2
Perpignan
Manuel Echeverria et Alain Ghesquiere

 

Laboratoire de Développement et d’amélioration des Plantes (DAP)
UMR amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Riz
http://umr-agap.cirad.fr/
Montpellier
E. Guiderdoni, E. Costes et F. de Lamotte

 

Institut de Biotechnologies des Plantes (IBP)
UMR 8618
Riz
http://www.ibp.u-psud.fr/?lang=fr
Orsay
Michel Dron

 

Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (BGPI)
UMR INRA-CIRAD-SUPAGRO
Riz
http://umr-bgpi.cirad.fr/
Montpellier
JL. Notteghem et ML. Caruana

Le riz est une céréale fondamentale dans l’alimentation de nombreuses populations du monde, notamment en Asie et en Afrique. Son développement, l’architecture de la partie aérienne de la plante, mais aussi la qualité et la quantité des grains produits sont contrôlés par un programme génétique strict. Le séquençage de son génome, et la meilleure connaissance de ses gènes permettront alors aux sélectionneurs d’accroître le rendement et de créer de nouvelles variétés résistantes aux maladies, à la sécheresse ou à la salinité. D’une manière plus générale, le riz est aussi devenu la céréale modèle pour les recherches sur l’un des deux groupes de plantes à fleurs, les monocotylédones cultivées

Période de reproduction : toute l’année en conditions tropicales

Cycle de développement : 90-120 jours

La pollinisation est de type autogame : les organes femelles et mâles se trouvent sur la même fleur (6 étamines et un ovaire contenant un ovule). Le développement de la plante commence par la fertilisation de l’ovule par un gamète mâle issu d’un grain de pollen afin de former un zygote. Le développement de la plante peut ensuite être divisé en trois phases : l’embryogenèse, et les phases végétative et reproductive. C’est durant l’embryogenèse qu’une grande part de l’architecture de la plante est établie. Le zygote subit plusieurs divisions cellulaires sans événement morphogénétique. Par la suite, l’axe principal de la plante, son méristème apical et son méristème racinaire se différencient. Le méristème apical est le siège de divisions cellulaires intenses afin de permettre à la tige de croître tout en formant les bourgeons axillaires empilés de façon alternée au niveau d’une succession de noeuds. Après la germination de la graine, la plante subit un développement dit végétatif et produit une tige constituée de feuilles engainées. Des tiges latérales de la plante se forment ensuite à partir des bourgeons axillaires portés par les nœuds, au cours d’un processus appelé tallage. Sous terre, la racine séminale se développe et émet des racines latérales. Durant cette phase, la tige continue à grandir et des racines adventives sont produites au niveau des noeuds. La phase reproductive, qui succède à une phase d’allongement des entre nœuds -ou montaison- marque un changement dans l’identité du méristème apical : de méristème végétatif, il devient méristème inflorescentiel, et les différents organes reproducteurs se forment.

Oryza sativa L. , riz cultivé d’origine asiatique (Deux sous espèces , japonica et indica).

Une autre espèce, Oryza glaberrima, d’origine Africaine et cultivée uniquement sur ce continent, est aussi étudiée.

Classification phylogénétique : céréale de la famille des poaceae.

Génome séquencé chez la variété japonica Nipponbare. Séquençage shot gun de la variété indica 93-11. Nombreux re-séquençages variétaux et séquençages d’espèces sauvages en cours.

389 millions de paires de bases sur 12 chromosomes

Nombre de gènes prédits : environ 37 000

Possibilité d’extinction de gènes par RNAi Possibilité d’inactivation de façon ciblée un gène de riz par recombinaison homologue

Mutagenèse aléatoire, insertionnelle (collections de lignées de mutants d’insertion de riz disponibles)

Outils bioinformatiques

Outils de criblage génétique (comme le TILLING pour cribler de grandes collections de mutants)

Bioinformatique

Analyses transcriptomiques

Grande quantité de marqueurs moléculaires de type microsatellites

Identification de polymorphismes de type SNPs

Core-collections, population de lignées de substitution segmentales et population de lignées recombinantes

Bases de données génomiques : http://orygenesdb.cirad.fr/

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/

http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi

http://www.gramene.org/

http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/RAP2_statistics.html

http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/toppage.html

http://www2.genome.arizona.edu/genomes/rice

http://rice.plantbiology.msu.edu/

http://www.dna.affrc.go.jp/database/

Sites web : http://www.knowledgebank.irri.org/Rice/Ricedefault.htm

http://fr.wikipedia.org/wiki/Riz

http://citron-vert.info/spip.php?article311

http://www.cns.fr/spip/Oryza-sativa-sesame-des-autres.html


Articles :

« Rice Plant Development: from Zygote to Spikelet », Jun-Ichi Itoh et al., Plant Cell Physiol, 2005 (disponible http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15659435)

« Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces », Huang et al., Nature Genetics , 2010 (disponible http://www.nature.com/ng/journal/v42/n11/pdf/ng.695.pdf)

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