Tomatoes

Mathilde CAUSSE
Mathilde.Causse@avignon.inra.fr
UR 1052, GAFL-Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes, Avignon,

Sciences et techniques agroalimentaires des végétaux
Agronomical vegetal science and technologies

Physiologie végétale
Vegetal Physiology

Génétique
Genetics

Agronomie
Agronomy

Adaptation du végétal à l’environnement
Plant adaptation to environment

Unité de recherche Biopolymères Interactions Assemblages (BIA)
Tomate
https://www-admin.nantes.inra.fr/nantes/les_recherches/biopolymeres/paroi_vegetale/texture_des_fruits_charnus
Angers

 

Unité de Pathologie végétale
UR0407,
tomate
Sophia-Antipolis

 

Unité de Pathologie végétale
Tomate
http://www.avignon.inra.fr/
Avignon

 

Unité de Génomique Végétale
Tomate (Groupe « crop genomics »), Vigne
http://www.versailles-grignon.inra.fr/
Versailles

 

Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL)
UR1052,
Tomate
http://www.avignon.inra.fr/
Avignon

 

Sécurité et Qualité des Produits d’Origine Végétale (SQPOV)
Tomate
http://www.univ-avignon.fr/fr/recherche/laboratoires/strlab/structure/unite-mixte-de-recherche-a408-qualite-et-securit.html

 

Santé Végétale
UMR1065-INRA-ENITAB
Tomate, Vigne
http://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/sante-agroecologie-vignoble/
Bordeaux

 

Plantes et Systèmes de culture Horticoles (PSH)
Tomate
http://www.avignon.inra.fr/
Avignon

 

Laboratoire de Génomique et Biotechnologie des fruits (GBF)
UMRA 990 INRA INP-ENSAT
Tomate
http://gbf.inp-toulouse.fr/en/home.html

 

Equipe Rétinogénèse
Unité d’Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV)
Tomate
http://www.cng.fr/fr/index.html
Evry

 

Bordeaux I-Univ. Bordeaux II, Bordeaux, Biologie du Fruit (BF)
UMR619 INRA-Univ
Tomate
https://www.bordeaux.inra.fr/umr619/
Bordeaux

La tomate est une espèce de plante herbacée originaire du nord-ouest de l’Amérique du Sud. Elle est cultivée pour son fruit charnu, l’un des fruits les plus consommés dans l’alimentation humaine. Elle appartient à la famille des solanacées, dont les membres les plus utilisés par l’homme sont par exemple la pomme de terre, le poivre, l’aubergine, ou encore le tabac. Son cycle de vie court, la possibilité de diriger les croisements, sa robustesse face à différentes conditions climatiques, et la facilité avec laquelle il est possible de la transformer génétiquement, font de la tomate un modèle d’excellence pour les recherches sur les fruits charnus, tels que le raisin, la pomme, la pêche, la fraise ou encore le melon.

Période de reproduction : toute l’année. Cycle de développement : 100-120 jours.

La fleur de tomate est hermaphrodite, le tube staminique qui renferme et protège les organes sexuels mâle et femelle, offre une pollinisation autogame dominante et allogame à pourcentage variable.

Solanum lycopersicum

Classification phylogénétique : plante herbacée de la famille des solanaceae

Génome en cours de séquençage

950 millions de paires de bases sur 12 paires de chromosomes

Nombre de gènes : environ 35 000

Collections importantes de Ressources Génétiques Collections importantes de variants naturels et de mutants (mutagenèses par EMS révélés par méthode de TILLING notamment)

Nombreux marqueurs génétiques : RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism), AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphism), SSRs (simple sequence repeat), SNPs

Banques de BACs et YACs

Grande collection d’ESTs (>250 000 environ)

Analyses QTLs, protéomes et transcriptomiques possibles

Marqueurs COS (Conserved Ortholog Set) permettant des études de synténie avec le génome d’Arabidopsis thaliana

Production de mutations gain de fonction grâce à des transformations (par insertions de T-DNA ou des transposons provenant d’autres espèces) et extinction de gènes par RNAi ou par VIGS (Virus Induced Gene Silencing)

Bases de données génomiques : http://sgn.cornell.edu/

http://ted.bti.cornell.edu/cgi-bin/TFGD/order/home.cgi

http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/…

Banque de variants naturels et de mutants :

http://tgrc.ucdavis.edu/

http://zamir.sgn.cornell.edu/mutants/

Base de données QTLs :

http://zamir.sgn.cornell.edu/Qtl/Html/home.htm

Base de données de microarrays :

http://www.ebi.ac.uk/Databases/microarray.html

http://www.jcvi.org/potato/

Base de données sur le métabolisme :

http://solcyc.sgn.cornell.edu/LYCO/server.html

Sites web : http://fr.wikipedia.org/wiki/Solanum_lycopersicum

http://espace.canoe.ca/group/horticultureetjardinage/blog/view/295772

Articles :

“ Tomato : a model plant for Solanaceae genomics. ”, Stevens R, M. Bouzayen, M. Causse, C. Etienne, C. Rothan, Functional Plant Genomics, éditeurs : J.F. Morot-Gaudry, P Lea, J.F. Briat, Science Publishers (USA), 708 p, 2007

Tomato. In “Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants”, Volume 5, Vegetables, Labate JA, S Grandillo, T Fulton, S Muños, AL Caicedo, I Peralta, Y Ji, RT Chetelat, JW Scott, MJ Gonzalo, D Francis, W Yang, E van der Knaap, AM Baldo, B Smith-White, LA Mueller, JP Prince, NE Blanchard, DB Storey, MR Stevens, MD Robbins, J Fen Wang, BE Liedl, MA O’Connell, JR Stommel, K Aoki, Y Iijima, AJ Slade, SR Hurst, D Loeffler, MN Steine, D Vafeados, C McGuire, C Freeman, A Amen, J Goodstal, D Facciotti, J Van Eck, M Causse, Editeur : C. Kole, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 11-135, 2007.

“ Traditional and enhanced breeding for fruit quality traits in tomato. ”, Causse M, R Damidaux, P Rousselle, Genetic Improvement of Solanaceous Crops, Vol.2: Tomato. Editeurs : M.K.Razdan and A. K. Mattoo, Science Publishers, Enfield, USA, 637 pp, 2007.

“Genomic databases for tomato”, K. Yano, K. Aoki, D. Shibata, Plant Biotechnology, 24, 17-25, 2007.

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